(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202111400644.6 (22)申请日 2021.11.24 (71)申请人 中山大学附属第五医院 地址 519000 广东省珠海市香洲区梅 华东 路52号 (72)发明人 单鸿　金红军　李志军　高洁冰　 毕蕾　黄国龙　杨帅　 (51)Int.Cl. C07K 19/00(2006.01) A61P 35/00(2006.01) (54)发明名称 一种靶向DDX24蛋白的水解靶向嵌合体及其 应用 (57)摘要 本发明公开了一系 列具有氨基酸通式(1)的 靶向降解DDX24蛋白的PROTAC多肽， 其具体序列 为： (1)R1 ‑Ahx接头‑E3配体‑R2。 其中， R1为靶 向 结合DDX24蛋白的多肽， 包 括TVCTWYCYCAAYQRA或 者LT(p)FEHYWAQLTS(p)， 接头为以Ahx为代表的 包含6个碳原 子的支链或非支链、 环状或非环状、 饱和或不饱和链的氨 基酸连接部分， E3配体是泛 素连接酶VHL的配体 （ALAPYIP） 。 R2为细胞穿透 肽， 包括RDRRDRRDRRR或RRRRRRRR （RD指D构型精氨 酸， R指L构型精氨酸） 。 本说明书总体上涉及具有 (1)通式的化合物及其药学上可接受的盐， 其中 R1、 R2为具有本文定义的含义中的任一种。 本说 明书还涉及此类嵌合体及其药学上可接受的盐 在治疗人或动物 体肿瘤中的应用。 本说明书还涉 及参与制备此类嵌合体的方法和中间体化合物， 并且涉及含 有此类化 合物的药物组合物。 权利要求书1页 说明书6页 序列表2页 附图3页 CN 114478797 A 2022.05.13 CN 114478797 A 1.蛋白水解靶向D DX24的嵌合体， 其氨基酸 通式序列为： (1) R1‑接头‑E3配体‑R2;R1为靶向结合DDX24蛋白的多肽， 包括Thr ‑Val‑Cys‑Thr‑ Trp‑Tyr‑Cys‑Tyr‑Cys‑Ala‑Ala‑Tyr‑Gln‑Arg‑Ala或者Leu ‑Thr(p)‑Phe‑Glu‑His‑Tyr‑ Trp‑Ala‑Gln‑Leu‑Thr‑Ser(p)， 接头为以Ahx为代表的包含6个碳原子的支链或非支链、 环 状或非环状、 饱和或不饱和链的氨基酸连接部分， E3配体是泛素连接酶VHL的配体 （ALAPYIP） ; R2为细胞穿透肽， 包括ArgD‑Arg‑ArgD‑Arg‑ArgD‑Arg‑Arg‑Arg或Arg ‑Arg‑Arg‑ Arg‑Arg‑Arg‑Arg‑Arg （ArgD指D构型精氨酸， Ar g指L构型精氨酸） 等;本说明书总体上涉及 具有(1)通式的化合物及其药学上可接受的盐， 其中R1、 R2为具有本文定义的含义中的任一 种;本说明书还涉及此类嵌合体及其药学上可接受的盐在治疗人或动物体肿瘤中的应用; 本说明书还涉及参与制备此类嵌合体的方法和中间体化合物， 并且涉及含有此类化合物的 药物组合物。 2.根据权利要求1所述的蛋白水解靶向嵌合体， 其特征在于， R1中靶向结合DDX24多肽 序列“Thr‑Val‑Cys‑Thr‑Trp‑Tyr‑Cys‑Tyr‑Cys‑Ala‑Ala‑Tyr‑Gln‑Arg‑Ala”短肽是利用细 菌展示文库通过磁珠筛选技术和荧光激活细胞分选技术筛选获得， “Leu‑Thr(p)‑Phe‑Glu‑ His‑Tyr‑Trp‑Ala‑Gln‑Leu‑Thr‑Ser(p)”（p为磷酸化修饰） 是修饰序列， 还涉及以上述氨 基 酸序列为基础的衍 生序列或修饰序列。 3.根据权利要求1所述的蛋白水解靶向嵌合体， 其特征在于， R2序列是ArgD‑Arg‑ArgD‑ Arg‑ArgD‑Arg‑Arg‑Arg或Arg ‑Arg‑Arg‑Arg‑Arg‑Arg‑Arg‑Arg （ArgD指D构型精氨酸， Arg指L 构型精氨酸） 等， 还涉及以上述氨基酸序列为基础 的不同位置Arg的D构型或L构型变换序 列。 4.根据权利要求1所述的应用， 其特征在于， 所述肿瘤疾病为DDX24高表达的头颈部鳞 状细胞癌、 鼻咽癌、 甲状腺癌、 食 管癌、 胃癌、 结直肠癌、 肝癌、 胆囊癌、 胰腺癌、 肺癌、 乳 腺癌、 肾癌、 膀胱癌、 前列腺癌、 卵巢癌、 子 宫内膜癌、 宫颈癌、 皮肤黑色素瘤、 淋巴瘤、 胸腺瘤、 骨肉 瘤、 多发性骨髓瘤等， 但不限于这些 所列肿瘤。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114478797 A 2一种靶向D DX24蛋白的水解靶向嵌合体及其应用 技术领域 [0001]本发明属于医药技 术领域， 具体涉及一种蛋白水解靶向嵌合体及其应用。 背景技术 [0002]DDX24属于DEAD‑box RNA解旋酶 （DDXs） 家族成员之一， DDXs参与了RNA 转录、 翻译、 降解、 核糖体RNA加工和小RNA的生成过程， 对细胞的分化和发育起着至关重要的作用 （Linder P等, Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2011, 12(8): 505–516） 。 DDX24在多种人类 癌细胞中过度表达， 它通过抑制p300与p53的相互作用， 进而促进肿瘤的恶性增殖 （Shi  D 等， 2016 , Oncogene  35(4): 528‑536） ； 研究发现， DDX24 高表达与HER2阳性乳腺癌、 胃癌 患者的生存率呈负相关； 人结肠癌组织中DDX24蛋白显著升高， 而且通过RNA干扰敲低DDX24 显著抑制肿瘤细胞生长 （Oliver  D等, Sci Rep. 2017, 7:43023） ； 此外， DDX24点突变亦 可 有效抑制肿瘤生长 （CN111254130  A） 。 以上均提示DDX24是诊治多种肿瘤的重要靶标， 通过 下调DDX24可望实现肿瘤精准治疗。 [0003]靶向蛋白水解 嵌合体PROTACs （Pr oteolysis  targeting chimeras） 是一种双功能 分子， 通过选择性诱导细胞内靶标蛋白水解来发挥作用。 PROTAC由两个共价连接的蛋白质 结合分子组成： 一端能与要降解的靶标蛋白结合， 另一端 结合E3泛素连接酶， 中间通过 交联 剂连接。 它将E3泛素连接酶招募至靶标蛋白， 从而将靶标蛋白泛素化， 随后导致靶标蛋白被 蛋白酶体降解。 PROTAC 分子与传统的小分子抑制剂不同， 具有诸多优势： 其一它可以降解整 个靶标蛋白， 而不仅仅抑制蛋白活性区； 其二它可以多次循环使用， 不被蛋白酶体降解； 其 三它不需要高亲和性配体， 只要引起E3泛素连接酶与靶标蛋白相互作用即可； 其四被降解 的蛋白重新合成需要一定的时间， 因此PROTAC分子的作用时间可能相 对更持久。 而传统的 RNAi和CRISPR/Cas9等技术是通过敲低基因的间接调控方式来干扰靶标蛋白的表达， 细胞 有较长的时间发挥激活补偿机制， 可能部分抵消或恢复靶标蛋白水平 （Rossi  A等， Nature   2015, 524 (7564): 230‑233; Guo J等， Cell  Res 2019, 29 (3): 179‑180） ； 其次容易出 现脱靶效应 （Manghwar  H等， Adv Sci, 2020. 7(6): 1902312;  Seok H等， Cell  Mol Life  Sci 2018, 75(5): 797‑814） 。 PROTACs则是通过细胞内固有的泛素 ‑蛋白酶体系统直接降 解靶标蛋白， 免除了中间调控过程， 提高了敲除蛋白的效率。 目前， PROTAC已成为降解目标 蛋白以治疗肿瘤的重要手段。 但目前国内外尚未见基于该技术的利用DDX24做为靶标的肿 瘤治疗技 术。 发明内容 [0004]本发明的目在于利用特异结合DDX24 的多肽， 中间通过交联剂与E3泛素连接酶配 体， 形成DDX24蛋白水解靶向嵌合体， 用于肿瘤 治疗， 特别是去势抵抗性前列腺癌、 食 管癌等 中的应用。 [0005]特异性靶向降解DDX24解旋酶的PROTAC分子， 其氨基酸通式序列为： R1 ‑接头‑Ala‑ Leu‑Ala‑Pro‑Tyr‑Ile‑Pro‑R2,其中R1为Thr ‑Val‑Cys‑Thr‑Trp‑Tyr‑Cys‑Tyr‑Cys‑Ala‑说　明　书 1/6 页 3 CN 114478797 A 3