(19)中华 人民共和国 国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202111286587.3 (22)申请日 2021.11.02 (71)申请人 上海市生物医药技 术研究院 地址 200032 上海市徐汇区斜土路2140号 (72)发明人 黄薇　施锦绣　牛振民　 (74)专利代理 机构 上海专利商标事务所有限公 司 31100 代理人 陶启长　韦东 (51)Int.Cl. C12Q 1/6886(2018.01) C12N 15/11(2006.01) G16B 20/50(2019.01) A61K 45/00(2006.01) A61P 35/00(2006.01) (54)发明名称 基因突变 检测引物组及其用途 (57)摘要 本发明涉及基因突变检测引物组及其用途。 具体地， 本发明提供一种引物组合物， 包含： (1) SEQ ID NO:1‑SEQ ID NO:260中任意一个或多 个， 或(2)由SEQ  ID NO:n和n+1组成的引物对， 其 中n为1‑259的任意一个或多个或所有奇数。 使用 本发明引物组检测基因突变， 可以显著提高建库 成功率、 基因平均覆盖倍数。 权利要求书3页 说明书10页 序列表41页 CN 113943805 A 2022.01.18 CN 113943805 A 1.一种引物组合物， 包 含： (1)SEQ ID NO:1‑SEQ ID NO:260中任意一个或多个， 或 (2)由SEQ ID NO:n和n+1组成的引物对， 其中n 为1‑259的任意 一个或多个或所有奇数， 优选地， 所述引物组合物包 含选自以下的一组、 两组或全部三组： (1)SEQ ID NO:1‑26中任意一个或多个， 或由SEQ  ID NO:n和n+1组成的引物对， 其中n 为1‑25的任意一个或多个或所有奇数， 和/或， SEQ  ID NO:27‑50中任意一个或多个， 或由 SEQ ID NO:n和n+1组成的引物对， 其中n 为27‑49的任意 一个或多个或所有奇数， (2)SEQ ID NO:51‑106中任意一个或多个， 或由SEQ  ID NO:n和n+1组成的引物对， 其中 n为51‑105的任意一个或多个或所有奇数， 和/或， SEQ  ID NO:107‑160中任意一个或多个， 或由SEQ ID NO:n和n+1组成的引物对， 其中n 为51‑105的任意一个或多个或所有奇数， (3)SEQ ID NO:161‑210中任意一个或多个， 或由SEQ  ID NO:n和n+1组成的引物对， 其 中n为161 ‑209的任意一个或多个或所有奇数， 和/或， SEQ  ID NO:211‑260中任意一个或多 个， 或由SEQ  ID NO:n和n+1组成的引物对， 其中n 为211‑259的任意 一个或多个或所有奇数。 2.如权利要求1所述的引物组合物， 其包 含选自以下的一组、 两组或全部三组： (1)SEQ ID NO:1‑50中任意一个或多个， 或由SEQ  ID NO:n和n+1组成的引物对， 其中n 为1‑49的任意 一个或多个或所有奇数， (2)SEQ ID NO:51‑160中任意一个或多个， 或由SEQ  ID NO:n和n+1组成的引物对， 其中 n为51‑159的任意 一个或多个或所有奇数， (3)SEQ ID NO:161‑260中任意一个或多个， 或由SEQ  ID NO:n和n+1组成的引物对， 其 中n为161‑259的任意 一个或多个或所有奇数。 3.一种基因突变检测方法， 包括使用权利要求1或2所述的引物 组合物扩增对象基因组 的步骤， 优选地， 所述方法还 包括确定扩增产物序列的步骤， 和/或 所述方法还 包括根据扩增产物序列确定其所覆盖的基因部分的序列的步骤， 和/或 所述方法还包括将扩增产物序列或其所覆盖的基因部分的序列与相应野生型序列比 较从而确定基因突变的步骤。 4.权利要求1或2所述的引物组合物在制备乳腺癌鉴别试剂盒或用于选择乳腺癌治疗 方案的试剂盒中的用途， 优选地， 所述引物组合物用于检测基因突变， 所述基因包含选自以下的一种或两种或 三种： AKT1、 ERB B2、 PIK3CA。 5.如权利要求 4所述的用途， 其特 征在于， 所述基因突变包含AKT1的突变， 所述引物组合物包含： SEQ  ID NO:1‑50中任意一个或 多个， 或由SEQ ID NO:n和n+1组成 的引物对， 其中n为1 ‑49的任意一个或多个或所有奇数； 优选地， 所述乳腺癌是AKT1突变型乳腺癌， 所述治疗方案包括给予治疗AKT1突变型乳腺癌 的药物， 或 所述基因突变包含ERBB2的突变， 所述引物组合物包含： SEQ  ID NO:51‑160中任意一个 或多个， 或由SEQ  ID NO:n和n+1组成的引物对， 其中n为51 ‑159的任意一个或多个或所有奇 数； 优选地， 所述乳 腺癌是ERBB2 突变型乳 腺癌， 所述治疗方案包括给予治疗ERBB2 突变型乳权　利　要　求　书 1/3 页 2 CN 113943805 A 2腺癌的药物， 或 所述基因突变包含PIK3CA的突变， 所述引物组合物包含： SEQ  ID NO:161‑260中任意一 个或多个， 或由SEQ  ID NO:n和n+1组成的引物对， 其中n为161 ‑259的任意一个或多个或所 有奇数； 优选地， 所述乳 腺癌是PIK3CA突变型乳 腺癌， 所述治疗 方案包括给予治疗PIK3CA突 变型乳腺癌的药物。 6.权利要求1或2所述的引物组合物在制备乳腺癌治疗试剂盒中的用途。 7.如权利要求6所述的用途， 其特 征在于， 所述引物组合物包含： (1)SEQ  ID NO:1‑26中任意一个或多个， 或由SEQ  ID NO:n和n+1 组成的引物对， 其中n为1 ‑25的任意一个或多个或所有奇数， 和/或， (2)SEQ  ID NO:27‑50中 任意一个或多个， 或由SEQ  ID NO:n和n+1组成的引物对， 其中n为27 ‑49的任意一个或多个 或所有奇数； 优选地， 所述试剂盒还 包括治疗AKT1突变型乳腺癌的药物， 和/或 所述引物组合物包含： (1)SEQ  ID NO:51‑106中任意一个或多个， 或由SEQ  ID NO:n和n +1组成的引物对， 其中n为51 ‑105的任意一个或多个或所有奇数， 和/或(2)SEQ  ID NO:107‑ 160中任意一个或多个， 或由SEQ  ID NO:n和n+1组成的引物对， 其中n为51 ‑105的任意一个 或多个或所有奇数； 优选地， 所述试剂盒还 包治疗ERB B2突变型乳腺癌的药物， 和/或 所述引物组合物包含： (1)SEQ  ID NO:161‑210中任意一个或多个， 或由SEQ  ID NO:n和 n+1组成的引物对， 其中n为161 ‑209的任意一个或多个或所有奇数， 和/或(2)SEQ  ID NO: 211‑260中任意一个或多个， 或由SEQ  ID NO:n和n+1组成的引物对， 其中n为211 ‑250的任意 一个或多个或所有奇数； 优选地， 所述试剂盒还 包括治疗PIK3 CA突变型乳腺癌的药物。 8.一种试剂盒， 包含权利要求1或2所述的引物组合物， 任选还包含用于治疗乳腺癌的 药物。 9.如权利要求8所述的试剂盒， 其特 征在于， 所述引物组合物包含： (1)SEQ  ID NO:1‑26中任意一个或多个， 或由SEQ  ID NO:n和n+1 组成的引物对， 其中n为1 ‑25的任意一个或多个或所有奇数， 和/或， (2)SEQ  ID NO:27‑50中 任意一个或多个， 或由SEQ  ID NO:n和n+1组成的引物对， 其中n为27 ‑49的任意一个或多个 或所有奇数； 优选地， 所述药物包括治疗AKT1突变型乳腺癌的药物， 和/或 所述引物组合物包含： (1)SEQ  ID NO:51‑106中任意一个或多个， 或由SEQ  ID NO:n和n +1组成的引物对， 其中n为51 ‑105的任意一个或多个或所有奇数， 和/或(2)SEQ  ID NO:107‑ 160中任意一个或多个， 或由SEQ  ID NO:n和n+1组成的引物对， 其中n为51 ‑105的任意一个 或多个或所有奇数； 优选地， 所述药物包括治疗ERB B2突变型乳腺癌的药物， 和/或 述引物组合物包含： (1)SEQ  ID NO:161‑210中任意一个或多个， 或由SEQ  ID NO:n和n+ 1组成的引物对， 其中n为161 ‑209的任意一个或多个或所有奇数， 和/或(2)SEQ  ID NO:211‑ 260中任意一个或多个， 或由SEQ  ID NO:n和n+1组成的引物对， 其中n为211 ‑250的任意一个 或多个或所有奇数； 优选地， 所述药物包括治疗PIK3 CA突变型乳腺癌的药物。 10.一种提供治疗方案的装置， 包含处理器和储存有程序的储存器， 所述处理器在执行 所述程序时实现以下步骤： (1)使用本发明第一方面任一实施方案所述的引物 组合物鉴定对象的乳腺癌肿瘤细胞 的选自AKT1、 ERB B2、 PIK3CA中的一个、 两个或多个 基因中是否具有突变， (2)根据(1)的结果 提供治疗方案，权　利　要　求　书 2/3 页 3 CN 113943805 A 3