ICS 65.020.30 B 44 中国实验动物学会团体标准 T/CALAS 97—2020 实验动物

牛棒状杆菌环介导等 温扩增（ -".1 ）检测方法 Laboratory animal-Detection of Corynebacterium bovis by loop-mediated isothermal amplification  --

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中国实验动物学会 发布
全国团体标准信息平台 前 言 本文件按照 GB/T 1.1—2020 给出的规则编写。 本文件附录 A为资料性附录。 本文件由中国实验动物学会归口。 本文件由全国实验动物标准化技术委员会（ SAC/TC281 ）技术审查。 本文件由中国实验动物学会实验动物标准化专业委员会提出并组织起草。 本文件起草单位：上海实验动物研究中心、扬州大学。 本文件主要起草人：冯洁、张泉、谢建芸、高诚、朱立麒、钱淼。 全国团体标准信息平台 实验动物 牛棒状杆菌环介导等温扩增 （LAMP）检测方法 1 范围 本文件规定了实验动物牛棒状杆菌 LAMP 检测方法。 本文件适用于实验动物牛棒状杆菌的检测。 2 规范性引用文件 下列文件中的内容通过文中的规范性引用而构成本文件必不可少的条款。凡是注明日 期的引用文件，仅所注日期的版本适用于本文件。凡是不注日期的引用文件，其最新版本 （包括所有的修改单）适用于本文件。 GB 19489 《实验室生物安全通用要求》 GB/T 19495.2 《转基因产品检测 实验室技术要求》 3 术语、定义和缩略语 下列术语、定义和缩略语适用于本文件。 3.1 环介导等温扩增 loop-mediated isoth ermal amplification ，LAMP 一种新型核酸扩增方法。 针对靶基因上的 6个区域设计 2对特异引物， 在链置换 DNA 聚合酶（ Bst DNA polymerase ）的作用下，以特异性引物为延伸起点，于 60℃～ 65℃恒温 扩增。可在 15 min～60 min 内实现 109～1010倍的核酸扩增，扩增产物由一系列复杂的大 小不等的 DNA 混合而成。 3.2 缩略语 DNA 脱氧核糖核酸（ deoxyribonucleic acid ） LAMP 环介导等温扩增（ loop-mediated isothermal amplification ） PBS 磷酸盐缓冲液（ phosphate buffered saline ） 16S rRNA 16S 核糖体核糖核酸（ 16S ribosomal RNA ） 4 基本原理 采用合适的方法提取检测样本中的细菌 DNA 。根据牛棒状杆菌属 16S rRNA 基因序列 保守区域设计一组特异性 LAMP 引物，对 DNA 模板进行扩增，根据 LAMP 扩增结果判定 样品中是否含有牛棒状杆菌。 全国团体标准信息平台 第三篇 实验动物检测方法系列标准 150 设计的 LAMP 扩增引物包括外引物 F3和B3、内引物 FIP和BIP 以及环引物 LB， 可特异性识别靶序列上的 6个区域，利用 Bst DNA 聚合酶（ Bst DNA polymerase ）启动 循环链置换反应，在 16S rRNA 基因序列启动互补链合成，在同一链上互补序列周而复 始形成有许多环的花椰菜结构的茎 -环DNA 混合物。在 DNA 合成时，从脱氧核糖核酸 三磷酸底物 （ dNTP ） 中析出的焦磷酸离子与反应溶液中的镁离子反应，产生大量白色焦 磷酸镁沉淀。焦磷酸镁沉淀与钙黄绿素结合，产生黄绿色荧光。因此，可以把浑浊度作为反应的指标，仅用肉眼观察反应液颜色变化，即可判定扩增与否，无需繁琐的电 泳和紫外观察。 5 设备和材料 5.1 离心机： 2000 r/min ～13 000 r/min 。 5.2 水浴锅或恒温孵育器： 60℃～65℃。 5.3 超净工作台。 5.4 生物安全柜。 5.5 电泳仪。 5.6 振荡器。 5.7 组织匀浆器。 5.8 冰箱： 2℃～5℃、–20℃。 5.9 微量移液器（ 0.1 L～2 L、1 L～10 L、10 L～100 L、100 L～1000 L）及无 菌吸头。 5.10 无菌透明离心管： 1.5 mL 、5 mL 、15 mL 。 5.11 L A M P 反应管（透明） 。 6 试剂* 除特殊说明外，实验所用试剂均为分析纯或符合生化试剂标准，各溶液按照附录 A所 示方法进行配制。 6.1 灭菌 PBS。 6.2 无水乙醇。 6.3 钙黄绿素荧光染料。 6.4 灭菌去离子水。 6.5 DNA 抽提试剂：细菌基因组 DNA 提取试剂盒 [天根生化科技（北京）有限公司，货 号DP302] 或其他等效试剂。 6.6 L A M P 试剂： LAMP DNA 扩增试剂盒（北京蓝谱生物科技有限公司，货号 SLP204 ） 或其他等效试剂。 * 本章给出试剂盒相关信息是为了方便本文件使用者，并不表示对该产品的认可。如果其他产品具有相同的效果，那么 可使用这些等效产品。 全国团体标准信息平台 151 实验动物 牛棒状杆菌 环介导等温扩增 （LAMP） 检测方法 6.7 引物：包括两条外引物、两条内引物和一条环引物。根据表 1序列合成引物，加灭菌 去离子水溶解， –20℃保存。 表1 牛棒状杆菌 LAMP检测引物序列 引物种类 引物名称 引物序列（ 5′→3′） 正向外引物 F3 CTTTTGTGACGGTACCTGCA 反向外引物 B3 GCATTTCACCGCTACACCAG 正向内引物 FIP GGACAACGCTCGCACCCTACGAAGCACCGGCTAACTACG 反向内引物 BIP CGTCTGTGAAATCCCGGGGCCAGTCTCCCCTACAGCACT 反向环引物 LB GCAGGCGATACGGGCAT 7 检测方法 7.1 采样及样本处理 7.1.1 动物样本 采集动物皮毛、 鳞屑、 呼吸道分泌物、 肠道内容物、 粪便、 病灶组织等， 置于无菌 1.5 mL 离心管中，加入 1 mL 灭菌 PBS，经匀浆后充分振荡， 3000 r/min 离心 10 min ，吸取上清液 转至干净离心管中编号备用。 7.1.2 细菌培养物 挑取固体培养基上的可疑菌落或液体培养物，用 1 mL PBS 制备成菌悬液，置于无菌 1.5 mL 离心管中编号备用。 7.1.3 实验动物环境 7.1.3.1 实验动物饲料、垫料、饮水 取适量实验动物饲料和垫料置于聚乙烯薄膜袋中，加入装有灭菌 PBS 的无菌均质袋 中， PBS 应将饲料和垫料完全浸没。拍击均质 1 min～2 min 充分混匀，将混悬液转移至 15 mL 无菌离心管中，静置 30 min ，吸取上清液转至 5 mL 无菌离心管中。取适量实验动 物饮水直接转移至 5 mL 无菌离心管中，备用。 7.1.3.2 实验动物设施设备 用灭菌棉拭子擦拭实验动物设施设备出风口初效滤膜表面沉积物，将拭子置入 15 mL 无菌离心管中，加入适量灭菌 PBS，浸泡 5 min～10 min ，充分混匀后取出棉拭子。离心管 静置 30 min ，吸取上清液转至 5 mL 无菌离心管中。 7.1.4 样本的存放 采集或处理的样本在 2℃～ 8℃条件下保存应不超过 24 h ，若需长期保存，应放 置–80℃冰箱，冻融不超过 3次。 7.2 DNA 提取 7.2.1 取1 mL～5 mL 上述样本， 10 000 r/min 离心 1 min ，吸净上清。 7.2.2 向菌体沉淀中加入 200 μL缓冲液 GA，振荡至菌体彻底悬浮。 7.2.3 向管中加入 20 μL 蛋白酶 K溶液，混匀。 全国团体标准信息平台 第三篇 实验动物检测方法系列标准 152 7.2.4 加入 220 μL缓冲液 GB，振荡 15 s，70 ℃放置 10 min ，溶液应变清亮，简短离心以 去除管盖内壁的水珠。 7.2.5 加220 μL无水乙醇，充分振荡混匀 15 s，此时可能会出现絮状沉淀，简短离心以去 除管盖内壁的水珠。 7.2.6 将上一步所得溶液和絮状沉淀都加入一个吸附柱 CB3 中（吸附柱放入收集管中）， 12 000 r/min 离心 30 s，倒掉废液，将吸附柱 CB3 放入收集管中。 7.2.7 向吸附柱 CB3 中加入 500 μL缓冲液 GD，12 000 r/min 离心 30 s，倒掉废液，将吸 附柱 CB3 放入收集管中。 7.